Τα μηνύματα της προετοιμασίας της Ελληνικής επανάστασης φτάνουν και στο νησί, καθώς κάποιοι από τους προεστούς που είχαν δοσοληψίες εμπορικές με την Κωνσταντινούπολη και τη Σμύρνη, φαίνεται ότι μυήθηκαν στην Φιλική Εταιρεία.
Επίσης σύμφωνα με τον ιατροφιλόσοφο Ν. Φαρδύ (η σπουδαιότερη πνευματική προσωπικότητα του τόπου μας) ένα ελληνικό πλοίο προφανώς απόστολος της Φιλικής Εταιρείας περνάει από την Σαμοθράκη και ενημερώνει τους κατοίκους για τον Μεγάλο Ξεσηκωμό του Έθνους που πρόκειται να γίνει τον Μάρτιο. Οι Σαμοθρακίτες τότε συγκεντρώνουν όπλα και αρχίζουν να προγυμνάζονται στην σκοποβολή από ένα Σαμιώτη που βρισκόταν στο νησί. Στις 19 Απριλίου του 1821 αρνούνται να πληρώσουν τους φόρους στους Τούρκους. Στέλνεται από τους κατακτητές ως μεσάζοντας κάποιος Ίμβριος στην καταγωγή που ονομαζόταν Λογοθέτης. Σ’ αυτόν ο Δημογέροντας Χατζηγιώργης σαν άλλος Λεωνίδας, απάντησε: «Δοσίματα δεν έχουμε παρά μονάχα μολύβι και μπαρούτι. Είμαστε Έλληνες και προτιμούμε να πεθάνουμε παρά να είμαστε σκλάβοι».
Τέσσερις μήνες μόνο έζησαν ελεύθεροι οι Σαμοθρακίτες. Την 1ηΣεπτεμβρίου του 1821 αποβιβάζονται στα νότια του νησιού στην θέση Μακρυλιές 2000 ένοπλοι Τούρκοι προερχόμενοι από την Τένεδο όπου βρισκόταν ο τουρκικός στόλος υπό τις διαταγές του ναυάρχου Καρά Αλή. Η πρώτη συμπλοκή γίνεται έξω από την Χώρα στη θέση Μύλοι. Στους γύρω λόφους από την Χώρα και συγκεκριμένα στον Κούκο και στον Βρυχό ταμπουρώνονται οι Σαμοθρακίτες με λιγοστά όπλα και ελάχιστα πολεμοφόδια. Σκοτώνεται ο Τούρκος σημαιοφόρος από τον Σαμιώτη, αλλά γρήγορα οι Τούρκοι σκοτώνουν ή συλλαμβάνουν τους λίγους πολεμιστές. Όταν άρχισαν να μπαίνουν στον οικισμό της Χώρας, οι νησιώτες κατέφυγαν έντρομοι στα βουνά. Η φρίκη και ο θάνατος απλώνονται παντού. Η Χώρα παραδίδεται στις φλόγες. Τους βανδαλισμούς των Τούρκων στην Χώρα περιγράφει ο Ίων Δραγούμης: «Τρείς μέρες βάσταξε το μακελειό. Οι Τούρκοι γυρεύοντας παντού ανθρώπους έμπαιναν στα σπίτια και τα ρήμαζαν. Όσους έβρισκαν τους χαλούσαν στο τόπο. Στην εκκλησία μπήκαν, τύφλωσαν τους Αγίους, άρπαξαν ότι πολύτιμο είχε σύντριψαν την Άγια Τράπεζα και ένας με την λόγχη του τρύπησε το Ευαγγέλιο πέρα-πέρα.». Οι Τούρκοι διατρέχουν τις πεδιάδες, ψάχνουν στα δάση, οι γυναίκες και τα παιδιά φορτώνονται στα πλοία για να οδηγηθούν στα σκλαβοπάζαρα. Θα βρουν τον Εφιάλτη – προδότη, έναν ντόπιο που ονομάζεται Κυριάκος, θα τον κάνουν λοχία – τσαούς και αυτός με δόλο θα οδηγήσει τους κρυμμένους Σαμοθρακίτες από τα βουνά στη Χώρα ξεγελώντας τους με την υπόσχεση, ότι οι Τούρκοι, δε θα τους πειράξουν. Και τότε αρχίζει η μεγάλη σφαγή. Κάτω από το επιβλητικό κάστρο της Χώρας στη θέση Εφκάς στην είσοδο του οικισμού σφαγιάστηκαν 700 άντρες νέοι και ηλικιωμένοι. Το αίμα θα τρέξει ποτάμι για να ποτίσει το δέντρο της λευτεριάς. Μεγαλειώδης η θυσία ενός τόσο μικρού τόπου όπως είναι η Σαμοθράκη. Με λιτότητα η λαϊκή Μούσα παραδίδει το φρικτό γεγονός:
«Σήμερα είναι Τρίτη και Πρωτοσταυρινιά
όπου μας εχαλάσαν οι Τούρκοι τα σκυλιά
που παίρναν τα κεφάλια και αφήναν τα κορμιά,
γεμίσαν τα σοκάκια και όλα τα στενά.»
*** Από την ομιλία της κας Ευαγγελίας Βάβουρα με αφορμή την άφιξη του Προέδρου της Δημοκρατίας κ. Παυλόπουλου στο νησί μας τον Οκτώβριο του 2017.
